Après sa victoire lors des guerres de Garfagnana (1604-1620) contre la famille d'Este, Lucques connut une période de paix et de prospérité jusqu'à l'arrivée des troupes napoléoniennes en 1799. La politique lucquoise s'appuya sur certains idéaux pour préserver son indépendance : rester à l'écart des événements internationaux, éviter les menaces et les conflits avec ses voisins et se doter d'un système défensif efficace pour dissuader toute invasion. Une grande partie des ressources financières de l'État fut investie dans la construction des remparts définitifs, achevés en 1645.
La campagne fertile, le tissu économique des petites et moyennes entreprises et la paix sociale préservée par le gouvernement permirent à la population de préserver son bien-être. En 1628, Lucques devint définitivement une république oligarchique : le Conseil général instaura le Livre d'or des 224 familles pouvant accéder aux plus hautes fonctions, à l'instar de Venise. Cette décision appauvrissait et rigidifiait le système politique, tendant à isoler progressivement la ville et à la désengager de l'élan commercial qu'elle avait auparavant adopté.
La situation européenne, conjuguée aux politiques protectionnistes, força les Lucquois à se déplacer vers des lieux de plus en plus éloignés et difficiles d'accès. À partir du XVIe siècle, une grande partie de leurs capitaux fut réinvestie dans l'agriculture, la bonification et la culture des terres s'étendant à toute la République, qui s'enrichit de villas nobles. Cette perspective de rentabilité étant maintenue, l'excellente situation financière permit, au XVIIIe siècle, d'envisager le remboursement de la dette publique. Le gouvernement commença timidement à entreprendre des réformes inspirées des Lumières : en 1758, une opération de piraterie permit à Ottaviano Diodati et à ses collaborateurs d'imprimer la première édition italienne de l'Encyclopédie de Diderot et D'Alembert. L'Université fut également inaugurée en 1790.
De par sa vocation cosmopolite et son lien permanent avec le monde des affaires, du commerce et de la culture, Lucques n'a jamais eu une simple dimension « provinciale ». Avec le Congrès de Vienne (1815), Lucques fut érigée en duché.Ducatus lucensis) sous la souveraineté de Marie-Louise de Bourbon, puis de son fils Charles-Louis. Lucques en devint la capitale et le resta jusqu'à son transfert au Grand-Duché de Toscane en 1847.
La ville a connu une période de grande prospérité économique dans la seconde moitié du XIXe siècle, notamment dans les secteurs agroalimentaire, textile et papetier grâce à l'exploitation des ressources en eau de la région.