Durante il periodo di guerra, la Lucchese finisce per subire l'ennesima emorragia di giocatori che partono per il fronte: la retrocessione dalla B è inevitabile, e arriva nella stagione 1941-1942 con un ultimo posto in solitudine che pare chiudere la parentesi felice degli anni Trenta.

La guerra è ormai in casa e anche i campionati si fermano: l'Italia è spaccata in due, le truppe straniere calcano il suolo e comandano a Nord come a Sud, i drammi di una guerra civile si aggiungono a quelli di un conflitto sanguinoso e insostenibile. Si deve attendere la stagione '44-'45 per rivedere timidi segnali di ripresa attraverso dei tornei regionali, ma sarà solo alla fine del conflitto, nella primavera del '45 che si potrà tornare a parlare di calcio.

La Lucchese ricomincia dalla Serie C grazie anche a una rinnovata compagine societaria con Antonio Fontana, indimenticabile presidente, e trova subito la promozione in B.
Non basta: il fantastico doppio salto arriva l'anno successivo, nel '47, i rossoneri mettono tutti alle spalle e si ritrovano in A.

Ad esaltare la folla del Porta Elisa sarà prima di tutto Danilo Michelini, alla sua seconda esperienza (da nativo di Lucca) con la maglia della squadra della sua città che guiderà dalla C alla A dopo averla indossata già negli anni Trenta. In panchina, c'è un altro mito della Lucchese: Aldo Olivieri che con questa maglia centra la promozione sia da calciatore che da tecnico per poi però passare al Viareggio.

Nella massima divisione i rossoneri si trovano a loro agio. Lo stadio è regolarmente pieno (il massimo delle presenze si registrerà per un Lucchese-Fiorentina del '48 con 23mila spettatori con i rossoneri primi in classifica che umiliano i viola con un secco 4-0), la squadra regala spettacolo e gol, prima di tutto da Fabian e Conti.
Alla fine di quel campionato, la Lucchese sarà ottava, il suo miglior piazzamento di sempre. I rossoneri si fanno temere su tutti i campi.